Структура Института определяется ректором Университета и директором Института в соответствии с Положением о национальном заведении образования.

Основные структурные подразделениями Института

• факультет "Автомобильные дороги";
• факультет "Автомобильный транспорт";
• факультет "Транспортные технологии";
• факультет "Экономика и управление";
• центр последипломного образования;
• библиотека;
• научно-исследовательская часть;
• центр информационных компьютерных технологий;
• отделы и подразделения административного управления и хозяйственной деятельности;
•  база практики;
•  общежития;
•  кафедры;
•  другие структурные подразделения, созданные в соответствии с действующим законодательством Украины.

Кафедра является базовым структурным подразделением Института, который проводит учебно-воспитательную и методическую деятельность по одной или нескольким родственным специальностям, специализациям или учебным дисциплинам и осуществляет научную, научно-исследовательскую и научно-технической деятельности по определенному направлению. Кафедра создается решением ученого совета Института при условии, если в ее состав входит не менее пяти научно-педагогических работников, для которых кафедра является основным местом работы, и не меньше, чем три из которых имеют научную степень или ученое звание и за предложением ученого совета Института.

В случае необходимости для обеспечения развития нового направления учебной, методической и научной деятельности при кафедре может быть создана секция.

Руководство кафедрой осуществляет заведующий кафедрой, избираемый на эту должность по конкурсу ученым советом Института сроком до семи лет. Должность заведующего кафедрой может занимать, как правило, лицо, имеет ученое звание профессора или научную степень доктора наук. С заведующим кафедрой заключается контракт.

Факультет - основной организационный и учебно-научное структурное подразделение Института, что объединяет соответствующие кафедры и лаборатории. Факультет создается решением ученого совета Университета при условии, если в его состав входит не менее трех кафедры и на нем обучается не менее, чем двести студентов дневной (очной) формы обучения по предложению ученого совета Института.

Институт может создавать учебные подразделения: курсы, факультеты смежных и дополнительных профессий и другие учебные подразделения, выполняющие платные образовательные услуги. Такие подразделения подчинены непосредственно директору Института, который назначает руководителей подразделений и определяет направления их основной деятельности, порядок финансово-хозяйственной деятельности, структуру управления и условия использования материально-технической базы, принадлежащей Институту.

Институт имеет право создавать в своем составе учебные подразделения последипломного образования, которые на базе Института за сокращенный срок готовят специалистов по новым перспективным направлениям науки и техники.

Структурные подразделения Института функционируют в соответствии с отдельными положениями, которые разрабатываются согласно действующему законодательству.